Nicht nur die menschliche Gesundheit ist durch Glyphosat in Gefahr. Laut der EU-Pestizid-Verordnung sollen Pestizidwirkstoffe keine unakzeptablen Auswirkungen auf die Umwelt haben (etwa auf Tiere und Pflanzen, die nicht das Ziel des Pestizideinsatzes sind, sogenannte „Nichtzielarten“). Doch als Totalherbizid hat Glyphosat sehr wohl negative Auswirkungen auf „Nichtzielarten“, und zwar nicht nur Pflanzen, sondern auch Tiere.
Die EFSA hat hohe langfristige Risiken für pflanzenfressende Säugetiere (z.B. Nutztiere wie Kühe und Schafe) sowie wildlebende Tierarten (z.B. Vögel und Maulwürfe) festgestellt. Das langfristige Risiko für Säugetiere hängt mit gängigen Anwendungen wie etwa dem Gebrauch vor und nach der Aussaat zusammen. Ein hohes langfristiges Risiko für kleine pflanzenfressende Tiere wurde bei der Verwendung in Obstplantagen beobachtet. Ein hohes Risiko für Vögel wurde bei der Anwendung vor der Ernte festgestellt, etwa wenn Glyphosat eingesetzt wird, um Getreide am Feld abzutöten, damit es schneller trocknet. Aber anstatt die Zulassung entsprechend einzuschränken, betrachtet die Kommission diese hohen Risiken als akzeptabel, und fordert nur die Mitgliedstaaten auf, hier „besonders vorsichtig“ zu sein. Ihrer Meinung nach sei es ausreichend, wenn die Mitgliedstaaten „gegebenenfalls“ bei den Anwendungsvorschriften Risikobegrenzungsmaßnahmen einführen. Die Kriterien, die die Kommission vorschlägt, sind nicht nur rechtlich nicht bindend, sondern außerdem so vage, dass sie in der Praxis bedeutungslos sind.
Durch ihr Verhalten missachtet die EU-Kommission die Entscheidung der EU-Ombudsfrau vom 18. Februar 2016, wonach „die EU-Kommission ihre Verantwortung zum effektiven Schutz der menschlichen und tierischen Gesundheit und der Umwelt nicht an die Mitgliedstaaten abgeben darf“. Das tue sie jedoch, wenn sie bei der Zulassung von potentiell unsicheren Wirkstoffen die volle Verantwortung zur Einführung von Risikobegrenzungsmaßnahmen an die Mitgliedstaaten abgäbe, so Paragraph 48 der Entscheidung. Die Ombudsfrau führt weiter aus, dass „diese Situation noch problematischer wird, wenn die Kommission nicht überprüft, ob die notwendigen Vorsichtsmaßnahmen tatsächlich umgesetzt werden“. Tatsächlich hat die Kommission nicht die Macht, die Umsetzung der vorgeschlagenen Maßnahmen zu überprüfen. In anderen Worten gibt die Kommission nicht nur den schwarzen Peter bezüglich des Umgangs mit großen Risiken an die Mitgliedstaaten weiter, sondern gibt auch ihre Verantwortung bezüglich der Umsetzung komplett ab.
Glyphosat mitverantwortlich für Rückgang von Vogelpopulationen
Darüber hinaus hat das Deutsche Umweltbundesamt erhebliche negative Auswirkungen von Pestiziden im Allgemeinen und von Glyphosat im Speziellen auf die biologische Vielfalt festgestellt. Glyphosat tötet nicht nur Unkräuter, sondern auch nützliche Beikräuter auf den Feldern und in ihrer Nähe. Doch diese Pflanzen sind eine wichtige Nahrungsgrundlage für Insekten und andere wildlebende Tiere. Das Deutsche Umweltbundesamt weist darauf hin, dass der gängige Einsatz von Totalherbiziden wie Glyphosat in der intensiven Landwirtschaft eine große Gefahr für bestimmte Vögel darstellt. Glyphosat sei damit mitverantwortlich für den Rückgang dieser Vogelpopulationen.
Die Behörde stellt klar, dass die Schuld nicht allein bei Glyphosat liege. Glyphosat sei jedoch der Hauptverursacher, da es das am häufigsten verwendete Herbizid ist (etwa ein Drittel der in der Landwirtschaft ausgebrachten Herbizide geht auf das Konto von Glyphosat). Das Umweltbundesamt fordert als Voraussetzung für jegliche Zulassung, dass ökologische Kompensationsmaßnahmen (z. B. Brachflächen, Flächen mit hoher Biodiversität) eingeführt werden und dass der Anteil an biologisch bewirtschafteten Flächen signifikant erhöht wird.
Glyphosat schädigt die tierische Gesundheit und hat unakzeptable Auswirkungen auf die Biodiversität. Es entspricht daher nicht den gesetzlichen Kriterien für eine Zulassung und die Mitgliedstaaten sollten daher einer Verlängerung der Zulassung widersprechen. Die Entscheidung der Ombudsfrau bezüglich der Verantwortung der EU-Kommission für ausreichende Risikobegrenzungsmaßnahmen ist ein berücksichtigenswerter Faktor laut Verordnung 1107/2009. Die Mitgliedstaaten sollten es nicht zulassen, dass die Kommission diese legitimen Bedenken missachtet. Eine Chemikalie, die so hohe Risiken für Tiere birgt, sollte keine weitere Zulassung erhalten.